＞アクセスはあるのに、
というのは勿論この場合、「検索エンジンからのアクセスはあるのに」という意味ですよね？　検索エンジンからの訪問者が１人もいなければ、「検索ワード」データは何も表示されません。

http://www.ninja.co.jp/help/analyze/use003.html

＞あと、検索エンジンと検索フレーズも同じ状態です。
「検索エンジン」項目も同じなら、検索エンジンからの訪問者がいないのでは？

とはいえ、
＞生ログやアクセス推移などは、普通に表示しています。
とのこと。生ログのリンク元データから、「検索エンジンからの訪問者がいた」と判断したというわけですね？

では、以下の事例に当て嵌まりませんでしょうか？

No.34602 bingという検索エンジン
└忍者側で対応していない検索エンジンからの訪問だったから。

No.30808 検索ワード・検索フレーズ・検索エンジンの表示について
No.31584 「ブラウザ」の解析表示が文字化けする。大手検索サイトからの訪問がリンク元統計に反映されない。
└検索エンジンを経たアクセスがユニークログではないから。

No.29682 アクセス解析について
└設置ソースを正しく貼り付けていないから。

http://www.ninja.co.jp/faq/a/148/
No.26139 検索ワードなどについて
└自己登録型のサーチエンジン、リンク集、mixiなど、通常の検索エンジンとは異なる検索エンジンからの訪問だったから。

No.40585 検索ワード・検索フレーズの表示が出ない
└設置ページURLを提示頂ければ、設置ソースが正しいのか確認できますが・・・。URLを提示したくないのなら、忍者側へ問い合わせるとよいかと。

問い合わせフォーム
http://www.ninja.co.jp/inquiry/analyze.html