３ページ全てに同じ解析用ソースを貼り付けたのですから、

同一人物が、
1.htmlに２回、
2.htmlに３回、
3.htmlに１回、
アクセスすると、

「生ログ」には、６回分のアクセスした形跡が残ります。
その際、どのログがどのページにアクセスしたものであるかの区別は付きません（リンク元URLが残るので、サイト構成如何によっては、アクセス経路から推測することも可能かも知れませんが）。

つまり、その６回分のアクセスについて、1.htmlに６回アクセスしたものなのか、1.htmlに５回・2.htmlに１回アクセスしたものなのか、そういった区別が付かなくなる、ということです（前述の通り、サイト構成によっては区別が付くこともありますが）。

また、アクセスする人物の環境（Cookie・JavaScript等）が整っていれば、その６回分全て同一人物のアクセスだと分かります。

参考：http://www.ninja.co.jp/help/analyze/use001.html
以下、関連部分の抜き出しコピペ。

『ここでページを変更せずに、複数のページに同じ解析用ソースを貼り付けると、アクセス解析のプログラムが全て同じページとして解釈してしまい、正しい解析結果が得られなくなってしまいます。』

※どうせ複数ページに設置するのであれば、貼り付ける解析用ソースは、ページごとに変えたほうが良いです。